Para descargar un documento PDF al hacer click en el enlace del documento en lugar de que se visualice en el navegador podemos usar el atributo "download" de HTML5.

Ejemplo:

<a href="http://www.prueba.com/linkalpdf" download="NombrePDF">Descargar PDF</a>

Es una propiedad nueva de HTML5, con lo que en los navegadores no actualizados o que no soporten HTML5 no va a funcionar.