Si habéis tenido problemas a la hora de visualizar un carácter con tilde en un alert de javascript usad el valor del carácter en formato UNICODE. Os dejo una lista con los principales carácteres:

\u00c1 = Á
\u00c9 = É
\u00cd = Í
\u00d3 = Ó
\u00da = Ú
\u00e1 = á
\u00e9 = é
\u00ed = í
\u00f3 = ó
\u00fa = ú
\u00d1 = Ñ
\u00f1 = ñ