Para aplicar estilos en jQuery a algun elemento podemos hacer uso del método .css(propiedad) pero no existe una manera usando este método de añadirle la regla "!important" a la propiedad que pongamos. La manera de aplicar un "!important" con jQuery sería haciendo uso del método .addClass(clase) el cuál añadirá una clase a un objeto y esa clase puede tener las propiedades que queramos con el "!important".

Ejemplo
Tenemos un elemento con clase "body"
<div class="body"></div>

Una clase css "backgroundBlue" que tiene como propiedad un cambio de background con el !important
.backgroundBlue{
background: blue;
}

Añadimos la clase "backgroundBlue" en jQuery con el método mencionado mas arriba, addClass(). El método añade la clase y como esta tiene una propiedad background con !important, dará igual el valor de background que tenga por defecto la clase body siempre y cuando no se solapen dos !important para la misma propiedad, en este caso, para el background.
$('.body').addClass('backgroundBlue');